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CBT_project/
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├── notebooks/
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│ └── experiment.ipynb
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├── core/
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│ ├── cylinder.py
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│ │ ├── create_coordinate_grid
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│ │ ├── snap_to_discrete_values
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│ │ ├── generate_cylinder_n_torch
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│ │ ├── generate_cylinder_o_torch
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│ │ └── generate_cylinder_numpy
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│ │
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│ ├── intersection.py
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│ │ ├── bresenham3d
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│ │ └── center_line_intersections_torch
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│ │
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│ ├── scoring.py
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│ │ ├── cl_score_torch
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│ │ ├── get_overlap_ratio
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│ │ └── compute_overlap_ratio_from_cylinder_mask
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│ │
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│ ├── objective.py
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│ │ ├── cylinder_circle_line_intersection_loss_deductions_torch
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│ │ └── objective_function
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│ │
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│ └── optimizer.py
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│ └── run_pso_torch
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├── imaging/
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│ ├── nifti_io.py
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│ ├── preprocessing.py
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│ └── orientation.py
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├── visualization/
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│ ├── plot_cylinder.py
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│ └── plot_overlay.py
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├── utils/
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│ └── helpers.py
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├── config/
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│ ├── constants.py
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│ └── device.py
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├── run_optimization.py
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└── __init__.py
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